Die Kirche wurde 1938 fertiggestellt. Die Bauarbeiten wurden von dem deutsch-baltischen Pfarrer Roderich Bidder geleitet, welcher in der Gemeinde von 1929 bis 1939 diente. 1962 wurde die Kirche vom Sowjetregime geschlossen und an die Firma Eesti Telefilms übergeben, welche sie als Filmstudio und Lagerhaus benutzte.

Als die Kirche 1993 an die Gemeinde zurückgegeben wurde, waren die Fenster zugemauert, es gab keine Heizungsanlagen und die Strom-, Wasser- und Abwassersysteme waren in einem sehr schlechten Zustand. Da keine Drainage vorhanden war, sickerte Wasser in den Keller der Kirche und das Büro des Pfarrers war ein fensterloses Tonstudio des ehemaligen Filmstudios, in dem Konfirmandenunterricht und Seelsorgegespräche stattfanden.

Um die wirtschaftliche Situation der Gemeinde zu verbessern, wurden einige der Räume vermietet. Im zweiten Stock der Kirche, in der ehemaligen Pfarrwohnung, war in einem etwas besser erhaltenen Raum eine Firma untergebracht, welche Ersatzteile für amerikanische Autos verkaufte. Die Garage neben der Kirche wurde als Tischlerwerkstatt vermietet, doch die Menge an Geld, die dadurch zusammenkam reichte gerade um die wichtigsten Ausgaben der Gemeinde abzudecken. Um die wirtschaftliche Lage noch weiter zu verbessern und Mittel für die Renovierung der Kirche aufzubringen, wurde auch die Vermietung weiterer ungenutzter Räume an eine Immobiliengesellschaft in Betracht gezogen. Unter all diesen Umständen war es nicht leicht, einen Pfarrer für die Gemeinde zu finden.

Von 1996 bis 2016 war dann Avo Üprus Pfarrer der Peeteli-Gemeinde. Er brachte die Vision mit, dass eine sozial sensible, offene und aktive Kirche zur Integration und Heilung innerhalb ihrer Gemeinschaft beitragen sollte und die Hilfe sollte bei jenen beginnen, die sie am meisten benötigen. Als er Pfarrer wurde, sagte Avo Üprus der Gemeinde, dass, so Gott will, die Peeteli-Kirche eines Tages rund um die Uhr arbeiten und Hilfe für Bedürftige bereitstellen könnte. Damals schien diese Idee vielen unrealistisch.